喷雾干燥机有许多不同的方式：例如，干燥气体是否再循环（闭环与开环系统），所用干燥气体的类型（空气，氮气或氩气），雾化器或喷嘴的类型（压力，双流体，超声或旋转），使用的粉末回收系统（通常通过旋风分离器和/或滤袋），表面处理的程度（即内表面的抛光程度），是否存在就地（CIP）或就地消毒系统以及仪器和自动化水平。
药物喷雾干燥机通常将高程度的精加工和先进的控制系统与简单的硬件设计结合在一起，从而使清洗更容易。不仅因为它可以安全地干燥有机溶剂，而且还可以减少产品中的氧化。压力喷嘴和双流体喷嘴主要用于中试和大型设备，其选择通常取决于进料的类型和产品的目标粒度。旋转喷嘴由于清洁性差而较少使用。超声波喷嘴在小型设备中的使用非常有趣，因为它们允许形成大液滴，而大液滴与大型设备的液滴非常相似。
对于无定形固体分散体，通常需要使用氮气作为干燥气体的密闭系统喷雾干燥机，因为需要处理有机溶剂。还优选压力喷嘴，因为它们使粉末具有更好的流动特性（由于较窄的粒度分布），从而简化了压片或胶囊填充的下游过程。制药行业中的喷雾干燥机具有广泛的规模：从可以生产1克或更少克的物料实验室装置，到能够每天生产几吨的大型商业装置。
